То что обнаружили хеликобактер, то это очень хорошо, т.к. теперь понятно что делать, ясна тактика ведения пациента, и ясен прогноз лечения, (для информации хеликобактер приводить к атрофии слизистой желудка). То что вам рекомендовали лечение антибиотиками это нормально, но что 2 недели это нужно решать индивидуально, и какими антибиотиками это тоже большой вопрос, (лечение лучше проводить КЛАЦИДОМ (но не СР), и только им (не в коем случае Клабкасом, Фромилидом, и т.п.) + Флемоксин или Хиконцил (но не Амосином, Трихополом, и т.п.), И обязательно чтобы был препарат Париет и Креон.
То что вы боитесь уничтожение микрофлоры во всем организме это немного и так и не так, если вы проведете даже 2-ух недельный курс антибиотиков и на этом прекратите лечение то это может произойти, т.к. необходимо проводить полных курс лечения а это занимает в среднем 1.5 - 2 месяца. Но курс подбирается каждому индивидуально. Необходимо видеть пациента живьем, знать ваши жалобы по здоровью, результаты анализов и т.п. и т.д.
То что опять боитесь повторного и инфицирования то это немного не так, реинфицироваться после успешного уничтожения хеликобактера возможно но это только в 3-5% случаев во всем мире это очень низкий процент, так что уничтожать хеликобактер необходимо.

С уважением, врач-гастроэнтеролог, к.м.н.,
директор Гастроэнтерологического центра Уфимцева К.А.
Уфимцев Константин Анатольевич