Здравствуйте, Светлана.
Из Вашего вопроса не ясно о какой несовместимости идёт речь (1. Совпадение по системе антигенов гистосовместимости HLA или 2. Положительная проба Шуварского и высокий уровень антиспермальных антител), но в любом случае эндометриоз яичников не является первопричиной. Лечению эти оба состояния поддаются, есть современные методики, в т.ч. и в Челябинске.
Что касается лечения эндометриоза яичников, то сегодня оперативное лечение показано при наличии эндометриоидных кист, с последующей обязательной гормональной терапией. Относительно влияния гормональных препаратов на здоровье будущего малыша, то я советую Вам не волноваться - они безопасны. К сожалению более конкретно на Ваши вопросы в заочном режиме ответить невозможно, нужно изучить детально результаты Ваших обследований. Желаю Вам удачи.
С уважением,
врач акушер-гинеколог, гинеколог-эндокринолог, врач УЗИ
"Уральского НИИ репродуктивной медицины"Гуменецкая Наталия Валентиновна