Основное  направление научучной и лечебной деятельности — разработка вопросов реконструктивно-пластической хирургии в онкологии, в частности трахеобронхопластическая хирургия, резекция легочной артерии, сберегат. и пластич. операции при злокачеств. опухолях мягких тканей и раке вульвы. Котляров Е.В. член Международного противоракового союза, член научного совета американского колледжа ангиологии. В 2003 Котляров Е.В. выехал в Ханты-Мансийск где до 2015 года заведовал кафедрой Онкологии в Ханты-Мансийской государственной академии и был проректором по лечебной работе.

Кроме того, в это период, Котляров Евгений Васильевич был главным онкологом ХМАО-Югры Областного онкологического диспансера. Под руководством Евгения Васильевича в Ханты-Мансийске создана система онкологической помощи и построне современный онкологический центр. Разрабатывались вопросы оптимизации диагностики и лечебной тактики при заболеваниях молочной железы, злокачественных опухолях кожи и мягких тканей.